琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。…

高中生四加一树能看见别人看不到的机器人幻影，因此被视作怪人。得知这一情况的真田博士让自己的女儿三月把四加带到他的研究室。博士正在做有关平行世界的研究，他让四加坐进一个古怪的装置，却不小心错把四加送到了未知的平行世界…